O Público beneficiado pelas ações do Programa Cisternas BRA-007B podem ser divididos entre beneficiários diretos e indiretos. Entre os beneficiários diretos das ações, estão: a) As famílias que receberam cisternas de captação de água das chuvas; b) As entidades que firmaram termos de parceria para a execução das metas de construção de cisternas de captação de água das chuvas, e que receberam apoio para fortalecimento institucional, entre elas a AP1MC, ADAI, CONDRI e FETRAF; c) Os gestores locais que participaram das edições do Curso de Formação em Gestão Pública, Acesso à Água e Convivência com o Semiárido e tiveram ampliados seus conhecimentos e capacidades de desenvolvimento das ações que realizam atualmente; d) Os vencedores do Prêmio Mandacaru.
 
Entre os beneficiários indiretos das ações, destacam-se: a) A população do semiárido inserida no contexto do Programa Cisternas, que foi beneficiada indiretamente com as ações que fortaleceram a formulação de políticas públicas por meio da criação de redes de cooperação entre os movimentos sociais e as instituições públicas, e que possibilitarão o fortalecimento e ampliação das parcerias entre estes entes; b) A população residente fora do semiárido brasileiro, que tiveram acesso pela primeira vez às tecnologias de captação e armazenamento de água das chuvas e passaram a demandar a ampliação dessas ações para além do semiárido. Destacam-se a seguir os critérios de elegibilidade adotados para a seleção dos beneficiários diretos que receberam cisternas de captação e armazenamento de água das chuvas (cisternas domiciliares, cisternas calçadão e cisternas escolares).
 
Beneficiários diretos das cisternas domiciliares e cisternas calçadão: Famílias inscritas no Cadastro Único de Políticas Sociais do Governo Federal Brasileiro – CADUnico, obedecendo aos seguintes critérios de priorização: Menor renda familiar per capita;
Famílias chefiadas por mulheres; Maior número de crianças de até seis anos; Maior número de crianças em idade escolar; Maior número de pessoas portadoras de necessidades especiais; Maior número de idosos. Beneficiários diretos das cisternas escolares:
 
Foi realizado estudo conjunto entre o Ministério da Educação – MEC e o MDS para identificação das escolas públicas localizadas no semiárido que não possuem acesso à rede pública de abastecimento de água. Esse estudo foi realizado com base no Censo Escolar feito pelo MEC.
 
Foram identificadas escolas sem acesso à rede pública de abastecimento nos nove estados do semiárido brasileiro. O Programa Cisternas BRA-007B propôs a construção de cisternas escolares na demanda inicialmente identificada. Posteriormente, verificou-se que esta demanda era maior, e as metas de construção de cisternas escolares foram ampliadas.